Священный трибунал располагает темя родами тюрем: переходные, публичные тюрьмы и секретные. В публичные инквизиционный трибунал заключает тех лиц, которые не обвинялись в каком-либо преступлении против веры, но были виновны в каком-нибудь проступке, судить который – историческая привилегия инквизиции. Второй род тюрьмы (переходный) предназначен для служащих самого священного трибунала, совершивших какую-либо ошибку или преступление при исполнении служебных обязанностей, без еретической примеси или подозрения в ней.

Заключенные, содержащиеся в тюрьмах этих двух видов, имеют право встречаться и общаться с посторонними людьми, кроме редких случаев, когда по праву, единому и для церковных, и для мирских судов, инквизиторы приказывают полностью изолировать обвиняемого.

Секретные тюрьмы созданы для заключения религиозных еретиков или заподозренных в распространении ереси. Узник общался только с судьями трибунала в необходимых следствию случаях. Попадание в тюрьму было равносильно позору в глазах общественного мнения, бесчестию обвиняемого. Дополнительную тяжесть вносило то, что узник никогда не знал о состоянии своего процесса.