Христианство впервые дни своего зарождения страдало от избыточных разногласий в связи с различным толкованием священных текстов или вообще на отрицании их признания. Поэтому епископы, как авторитетные представители христианства находили таких всем неугодных им богословов и, обвинив их в ереси, то есть в ошибочном выборе, вели над ними суд. А в качестве наказания обычно было отлучение от церкви.

Когда Римская Империя признала христианство, и, объявило ее государственной религией, то наказания еретиков теперь стало делом и гражданским. Начиная от конфискации имущества, заканчивая смертной казнью, эдикты о которых издавались весьма рьяно. Епископы должны были следить за нравами своих прихожан, а также определять степень правильного поведения касаемо веры в своих епархиях, искореняя языческие обычаи. Инструментами в этом деле должны были служить проповеди. А в особых случаях применялись расследования, неизбежно приводящие к серьезным физическим пыткам. Таким образом, государственные мужи, объединившись с представителями церкви, исправляли заблуждения относительно христианской веры.

Со временем в IX – X веках епископы, ощутив свою власть, начали преследовать еретиков и небожителей с такой нарастающей энергией, что насильственные меры становились все более изощренными и ужасающими. Вплоть до того, что любого человека, который был чем-то не угоден или отличался в своих взглядах, можно было обвинить в колдовстве и приговорить к устрашающей казни как сожжение на костре. Но все эти карающие действия были строго определены законом, и, вне суда не могло слушаться ни одно такое дело. Хотя юристы, служащие церкви делали все возможное, чтобы еретик принял чистосердечное признание, даже если после процесса его ожидала неминуемая смерть.

Сам термин «инквизиция» означал выяснение обстоятельств какого-либо дела и обычно путем допросов и еще до возникновения церкви использовался в сфере права. Но с 1215 года папа Иннокентий создал церковный суд, который начал вести борьбу с еретиками, то есть, по сути, означал святую инквизицию.