Основной задачей мировой и испанской инквизиции являлось определение, действительно ли является обвиняемый виновным в преступлении (ереси). Поскольку с конца 15 века по всей Европе начинают распространяться слухи о массовом присутствии ведьм, заключивших договор с нечистой силой, среди обычного населения, в компетенцию инквизиции начинают входить и процессы о ведьмах и обвинениях в ведовстве.

В это же время в процессах о ведьмах стало принимать участие светское правительство, и подавляющее число приговоров выносили именно мирские суды протестантских и католических государств в 16-17 веках. Стоит отметить, что к концу 17 века просвещенные инквизиторы стали выражать серьёзные сомнения в справедливости обвинений в ведовстве в большинстве случаев. Также в компетенции испанской инквизиции находились дела о еврейских погромах. Так, инквизиция должна была не просто наказывать погромщиков, но также и предупреждать насилие.

Помимо обычных допросов, применялись, как и в мирских судах того времени, разнообразные пытки подозреваемого. Церковные юристы придавали большое значение чистосердечному признанию еретика и передавали дело в суд.