Если узник в течение трех аудиенций не рассказывал подробностей преступлений или указывал слишком мало фактов, его обвиняли в запирательстве и нежелании говорить правду. В этом случае по правилам считалось, что требуется применить к обвиняемому судебную пытку.
Целью такой пытки было вынуждение узника признать все, что ему вменяется в вину. Верховный совет запрещал употребление пытки больше одного раза в одном и том же процессе. Однако запрещение было практически бесполезным, потому что инквизиторы, стали называть несколько пыток одного человек одной пыткой, проводимой с несколькими отсрочками. Откладывали пытку по состоянию здоровья, если жизни жертв угрожала опасность. Этот момент объявлялся судебным врачом, присутствовавшим при пытке. Если узник не умирал от последствий пытки, мучения возобновлялись, как только тот начинал себя лучше чувствовать. На языке священного трибунала это была не новая пытка, а продолжение первой.
В качестве пыток применялись все известные методы мучений: пытки водой, поджаривание на огне, нанесение различных увечий, дробление костей, удушение. Инквизиция располагала специальными палачами, проводившими пытки.