Во главе суда стоял Великий Инквизитор. Согласно судебной системе, Инквизитор в первую очередь допрашивал свидетелей в присутствии секретаря и священников, наблюдающих за корректностью процедуры. Если преступление или обвинение в ереси было однозначно доказано на предварительном следствии, то оговоренного доносчиками арестовывали и сажали в монастырскую тюрьму.
Затем подсудимого допрашивали, и против него начиналось дело, причем его ответы сравнивали с показаниями предварительного следствия.
В инквизиции не существовало прокурора, обвиняющего подозреваемых, эта формальность выполнялась самим инквизитором после заслушивания свидетелей. Ответом обвинению была речь преступника. Еретику было запрещено оправдываться, он мог лишь покаяться и отречься от ереси.
Сама инквизиция не применяла смертную казнь. Еретика, который не покаялся в своей ереси, просто объявляли отлученным от Церкви и «отпускали на волю» как человека, для которого Церковь уже больше не может ничего сделать, и она не будет принимать участие в его судьбе. «Отпущенный» на самом деле попадал прямиком в руки светского суда, приговаривающего его к костру за измену государству.