В 1536 г. была утверждена официально инквизиция в Португалии. На ее учреждение повлиял Жуан III (король страны). Между тем, современные исследователи считают, что она началась еще в 1492 г., когда в Португалию хлынули иудеи, изгнанные из Испании. Говорят, что в итоге возникла проблема «новых христиан». Инквизиция в Португалии переняла черты и особенности испанской. Она стала государственной, но не папской. Между тем, правовая основа дея-ти государственной инквизиции являлась во власти папы.
Итак, как уже было сказано выше, португальская инквизиция возникла в 1492 г. Предпосылкой для ее возникновения послужило изгнание иудеев из Испании. Десятки тысяч человек решили выбрать в качестве новой Родины Португалию. Король Жуан II встретил испанских иудеев с «почестями». Приезжим людям надо было уплатить восемь золотых крузадо, чтобы находиться в стране как минимум 8 месяцев. Иудеи не оставляли попыток на обоснование в государстве на постоянной основе. Они хотели бы жить без инквизиций, преследований за веру. Право на ПМЖ получились лишь 600 богатых иудейских семей, да и то потому, что смогли уплатить 600 тыс. крузадо в казну.
После того, как чужеземцы устремились массово в Португалию, возникли антииудейские настроения в разных кругах. Люди приняли гостей по-разному. Одни требовали, чтобы приезжие покинули страну, другие требовали инквизиции для того, чтобы приезжие жили по-новому, как в Испании. Когда первый срок пребывания иудеев подошел к концу, они не смогли уплатить оброк повторно, вследствие чего были проданы в рабство, дети были высланы на о. Санто-Томе в Африку. Мануэл I издал приказ о запрете исповедания иудейской религии в 1496 г. Он выступил за закрытие синагог, сжигание молитвенников, принятие католической веры или о покидании пределов страны. Многие обратились в католичество насильственно.